2006年底，全市共有各级各类卫生机构2734个（不含个体诊所），其中医院41个（市级21个，县级20个），乡镇卫生院193个，采供血机构 1个，妇幼保健机构9个，专科疾病防治机构 3 个，疾病控制机构10个，卫生监督机构6个，医学在职培训机构8个，其它2个；医疗机构编制床位13861 张，实有床13817张；医疗卫生队伍25468人，其中卫生技术人员19899 人，执业医师 5152人，执业助理医师2014人，注册护士4905 人，药剂人员1563人，检验人员1066人，其它5199人；卫生及医疗机构收入总计115162.54万元，其中财政补助12637.43万元，全市医疗卫生机构固定资产总值100523.28万元。

　　公共卫生服务体系不断完善。截止2006年底，我市累计投资1.6亿元，新建和改造了市、县两级疾病预防控制中心、医疗急救中心、传染病医院和乡镇卫生院。市疾控中心2005年5月份搬迁新址，各县（市、区）也都实现了疾控、监督机构独立运行，职能分开，权责统一，综合执法的体制设置。进一步加强乡镇卫生院建设。总共投资8061万元，建设和改造了182所乡镇卫生院。新型农村合作医疗试点工作进展有序。2006年，我市新型农村合作医疗试点县（市、区）5个，分别是永城、夏邑、虞城、梁园区、睢阳区，参合农民315.46万人，平均参合率75.18%，争取中央、省资金投入达9463.8万元，试点县（市、区）占全市县（市、区）总数达到56%。截止2006年年底，全市共补偿参合农民76.9584万人，补偿总金额7744.8万元。其中，住院补助12.5807万人，补偿资金6273.77万元；门诊补助64.3777万人，补助资金1471.03万元；享受最高封顶线1万元补助的参合农民343人。疾病预防控制能力不断加强。加大了对艾滋病防治工作的经费投入，加强了重点县、乡、村医疗卫生机构能力建设，改善了艾滋病人的就医条件。积极开展了对四个定点县的母婴阻断工作，完善了市、县两级艾滋病疫情报告系统，加强艾滋病实验室建设和综合示范区管理，全面落实了以人员培训、健康教育、行为干预、医疗护理和咨询关怀相结合的综合防治措施。积极开展以保持无脊灰状态为重点的计划免疫工作，加强基础免疫常规接种的管理，“四苗”接种率、新生儿乙肝疫苗全程接种率以乡为单位保持在90%以上。以全面实施结核病归口管理和结核病控制项目为龙头，全面加强了结核病防治工作，结核病人的发现率、治愈率均达到国家规定标准。“降消”项目顺利实施。共为5个项目县产科中心配备了近50万余元的急救设备，争取农村贫困孕产妇救助资金479.9万元。截止2006年11月底，全市共救助孕产妇23324人，全市孕产妇非正常死亡率及婴幼儿非正常死亡率持续下降。卫生监督体系建设基本完成。市卫生监督所已于2005年底独立建制并挂牌运行，所辖的6县2区1市全部建立了卫生监督机构，除民权和虞城外，均独立运行。无偿献血成果进一步巩固。全市共有16000余人自愿参加了无偿献血，其中农民占40%以上，献血400ML比例达到98%，满足了各级各类医疗机构临床用血，常年保持临床用血100%来源于无偿献血。中医药工作健康发展。全市中医医疗机构建设投入资金约8000万元，中医医疗服务环境和服务条件明显改善。柘城县、睢县、民权县中医院人均年收入均超过了同级县医院。商丘市、夏邑县中医院年业务收入比2005年增长50%。商丘市中医院、睢县中医院、柘城县中医院被河南省中医药管理局授予二级甲等中医院资格。大力开展“万名医生支援农村卫生工程”。组织市级医院的专家及业务骨干向国家扶贫开发工作的重点县连续三年派驻医务人员，充分利用市级医疗资源的优势通过卫生下乡的形式为二级及二级以下医疗机构培训技术骨干，加强学科建设及综合管理能力。认真实施单病种管理和药品集中招标采购。全市46所县及县以上医院对153个病种次实行了单病种限价管理，全市40多所县以上医院因实行单病种控制管理共计减免医疗费用500余万元；药品招标品种已从第一周期的120个，上升到第8周期的4987个，全市 42家医疗机构采购招标药品1.6亿元，招标采购药品金额占药品采购金额的70%，2006年药品和医用耗材直接让利患者2000余万元。爱国卫生工作向纵深发展。全市共创建市级卫生村39个，农村改水示范村57个，改厕示范村53个；创建省级卫生单位35个，市级卫生单位53个；创建省级卫生镇2个，省级卫生村2个。